1 июля 1900 года появилось Высочайшее повеление о повторном открытии Московских высших женских курсов (далее МВЖК) в составе двух отделений (далее –факультетов): историко-философского и физико-математического. Как известно, МВЖК были открыты в 1872 году, но в 1888 прием на курсы был прекращен по политическим причинам. При физико-математическом факультете были организованы два отделения: математическое и естественное, на которых преподавалась химия. Н.Д.Зелинский подключился к преподаванию на курсах в 1901 году. Он состоял профессором при курсах вплоть до 1912 года, преподавая химию для математического и естественного отделений. Читал общую химию и вел практические занятия по химии на 1 курсе в 1901-1902 гг., а затем преподавал органическую химию для 2-го и 3-го курсов в последующие годы, одновременно возглавлял лабораторию органической химии. Уже в 1908 году по рекомендации Зелинского при лаборатории была оставлена в качестве лаборантки выпускница курсов Гефтер Ю.М.. Под его руководством воспитанницы курсов проводили также научные исследования, публиковавшиеся в профессиональной периодике того времени (известны совместные публикации Зелинского , в частности,

с Л.Вышинской (1905) , Уклонской Н. Е.(1913)).